이 절은 나라(奈良：710-784) 시대의 초기, 겐메이(元明) 천황의 연호인 와도우(和銅) 7년(714)에 타이쵸(泰澄) 대사의 제자 활원(滑元)이 창건하여, 그 다음 해에 임금의 기원소(사찰)가 되어 신원사(神願寺)라고 일컫었다. 멀지 않아 흰돌 가마우지의 여울에서, 오뉴우(遠敷) 신사을 청한 관계가 있는 곳으로 전해지고 있다.
헤이안(平安：794-1192) 시대에 간무(桓武) 천황, 시라카와(白河) 천황의 칙명(勅命)에 의해 가람이 재건되었다고 한다. 가마쿠라(鎌倉：1192-1333) 시대에는 장군 뢰경(頼経)은 칠당(七堂) 가람(일곱 건물을 갖춘 절) 25개의 방을 기부해, 와카사이치노미야(若狭一の宮)의 별당 절이 되었고, 절 이름을 네모토진구우지(根本神宮寺)로 고쳤다. 무로마치(室町：1336-1573) 초기에 호소카와 기요우지(細川清)씨의 부흥이 있어서, 현재의 본당은 텐분(天文) 22년(1553) 에치젠(越前)을 지킨 아사쿠라 요시카게가(朝倉義景)씨가 부흥 한 것이다. 그러나 지금은 니오우몬(仁王門), 본당, 개조당(開祖堂), 엔조우방(円蔵坊), 사쿠라모토방(桜本坊)이 남아 있을 뿐, 본당은, 쇼와(昭和) 30년(1955)에 해체 수리를 끝내서 지금의 위용(偉容)을 보는 것이다.
본당은 5간 6간의 건물이다. 즉 도리가 5간에 대들보가6간이어서, 정면폭 14.34m, 안길이 16.60m의 단층 팔작집 지붕, 히와다브키(桧皮葺：노송나무 껍질로 인 지붕)로, 돌 기단(基壇) 위에 서서, 사면에 툇마루를 마련하여 그곳에 난간을 두르고 있다.
굵은 원기둥 위에 일본 양식으로 두공(斗拱)을 이용해, 쟈바라시린(蛇腹支輪：실내의 벽에 수평으로 두른 띠 모양으로 장식한 돌출부를 지탱하는 竪木)을 갖추고, 나카조나에(中備：처마 주위의 기둥과 기둥 사이 상부에 놓여지는 것.)에는 정면에 정교한 카에루마타(蟇股：개구리 가랑이를 넓힌 모양, 고건축에 이용되는 들보 위의 조각물)를 두고, 정면5간은 모두 절상 덧문을 세워, 서까래를 가지고 덮은 본당은, 중세 말기의 건축으로서 당당한 풍채로 군림하는 것 같다. 일본 양식을 주체로 하고 있지만, 여러 곳에 대륙 양식을 도입하여, 키바나(木鼻：구석이 기둥으로부터 돌출한 부분)에 인도 양식의 쿠리카타(繰形：건구 등에 장식적으로 이용되는 돌출부)을 이용해, 내부의 묶은 들보는 모두 중국 당시대의 양식이 많고, 츠마카자리(妻飾：뱃집 지붕이나 팔작집 지붕에서 박공 부분의 장식)도 처마 모퉁이의 반전과 함께 화려한 모습을 한층 북돋으고 있는 것 같다.
문화재란 
神宮寺
