明通寺は、大同元年(806)、伏見宮領松永荘の中心地に開創された坂上田村麻呂創建と伝わる真言宗の寺院です。鎌倉時代に建造された本堂と三重塔は国宝に指定されています。
本尊は棡の老樹から掘り出されたという薬師如来坐像。その両側に降三世明王立像、深沙大将立像が侍立します。とくに深沙大将は、三蔵法師が西遊記の中で苦難の天竺行のとき出現して一行を守護した「沙悟浄」として知られ、非常にめずらしい木像であることが知られています。三尊いずれも重要文化財に指定されており、客殿安置の木造不動明王立像も同じく重要文化財となっています。
また、所蔵する福井県指定文化財である彦火火出見尊絵巻は、若狭彦神社の主祭神・彦火火出見尊(山幸彦)と兄・海幸彦の神話を絵巻に表したものです。